Di Nusakambangan, terdapat 12 lembaga pemasyarakatan (lapas) yang dibagi menjadi empat kategori berbeda berdasarkan tingkat risiko dan jenis kejahatan narapidana. Salah satunya adalah lapas super maximum security, di mana narapidana dengan kasus berat seperti terorisme, narkotika internasional, korupsi, dan kejahatan berulang ditempatkan. Mereka ditempatkan secara individual dengan pengawasan 24 jam, fokus pada pembinaan kerohanian, disiplin, dan deradikalisasi. Selain itu, terdapat pula lapas maximum security untuk narapidana dengan risiko tinggi yang belum menunjukkan perubahan perilaku signifikan. Narapidana di lapas medium security memiliki risiko sedang, yang telah menunjukkan perilaku baik dan aktif mengikuti program pembinaan.
Sedangkan, lapas minimum security diperuntukkan bagi narapidana dengan risiko rendah yang telah mendekati masa bebas dan berkelakuan baik. Mereka dapat mengikuti program asimilasi dan pembinaan di luar lapas, serta berinteraksi lebih bebas dengan mengikuti kegiatan produktif. Di Nusakambangan, terdapat 2992 narapidana yang menghuni 11 lapas, dengan total kapasitas 3088 orang. Dari jumlah tersebut, 2190 narapidana merupakan pelaku kasus narkotika, 275 orang dijatuhi hukuman mati, 599 dihukum seumur hidup, dan 223 adalah warga negara asing (WNA). Dengan berbagai kategori lapas tersebut, Kementerian Hukum dan HAM (Kemenkumham) memastikan tingkat keamanan lapas sesuai dengan tingkat risiko narapidana yang ada di dalamnya.
