Federasi Malaysia terbentuk pada 16 September 1963, melibatkan penyatuan Malaya, Singapura, Sarawak, dan Sabah. Proses tersebut melibatkan perundingan, konsultasi, dan faktor politik serta ekonomi. Pembentukan Malaysia diusulkan oleh Perdana Menteri Malaya, Tunku Abdul Rahman Putra Al-Haj, pada 27 Mei 1961, dengan dukungan dari Perdana Menteri Inggris, Sir Harold Macmillan. Komite Konsultatif Solidaritas Malaysia dibentuk untuk memfasilitasi konsultasi. Para pemimpin Sarawak dan Sabah kemudian mengunjungi Malaya untuk lebih memahami pembentukan Malaysia. Sebuah referendum dilakukan melalui Komisi Cobbold untuk memastikan aspirasi masyarakat Sarawak dan Sabah, dan pada 9 Juli 1963, Perjanjian Malaysia ditandatangani.
Sarawak dan Sabah memperoleh hak istimewa dalam kesepakatan tersebut, seperti kebijakan imigrasi khusus dan preservasi agama dan budaya asli. Pembentukan Malaysia tidak terlepas dari konfrontasi Indonesia-Malaysia, yang berlangsung selama tiga tahun (1963-1966) dan melibatkan infiltrasi militer Indonesia. Konflik tersebut mereda setelah peristiwa G30S/PKI di Indonesia, menggeser fokus dari konfrontasi ke stabilisasi internal. Sarawak dan Sabah bergabung dengan Malaysia melalui konsultasi dan pertimbangan ekonomi dan politik, dengan jaminan otonomi dalam aspek-aspek tertentu. Meskipun demikian, dinamika hubungan antara kedua negara bagian ini dengan pemerintah pusat Malaysia terus berkembang seiring waktu.
